تفسیر به معناى کشف معناى ظاهرى قرآن است و دست یابى به مبانى باطنى قرآن و تأویل آن و تبیین مسائل قرآنى خارج از تفسیر است. ادعاى مرحوم علّامه طباطبائى این است که قرآن براى فهم معانى و مقاصد خود، نیازى به امر خارج از قرآن ندارد و برخى آیات قرآن بعضى دیگر را تفسیر مى کند. از این رو، شیوه تفسیر المیزان، قرآن به قرآن است.
ایشان مى پذیرد که یک مفسر براى فهم مقررات و الفاظ قرآن نیازمند مراجعه به کتب لغت، قواعد ادبیات عرب و قراین مربوط به کلام است و این روش عقلایى است و این کار خارج از روش تفسیر نیست. همچنین فهم تفصیل احکام قرآن و قصه هاى آن را باید از روایات پیامبر و اهل بیت علیهم السلام به دست آورد. مثلاً اصل «صلوة» را از قرآن به دست مى آوریم، اما تفصیل احکام قرآن را باید به روایات و سنت پیامبر مراجعه کرد. این امر به معناى این نیست که ما براى تفسیر «صلوة» احتیاج به روایات داریم.